Con Wu fuera de combate y sufriendo de los efectos del Time Punch, los Ninja descubren un nuevo enemigo en medio de ellos.

Nadakhan se casa con Nya y consigue el poder de los deseos infinitos, pero Flintlocke y Dogshank se unen a los ninjas para enfrentarse con él en una batalla definitiva.

El maestro Wu intenta erróneamente ir sin ayuda a terminar una batalla que comenzó hace décadas contra Acronix, uno de los gemelos Manecillas del Tiempo.

Flintlocke lidera un motín con la idea de que Nadakhan abandonará a su tripulación una vez que tenga el poder de los deseos infinitos, pero este lo vence y captura…

Mientras Nya ensaya a la fuerza para su casamiento con Nadakhan, Jay recluta un nuevo equipo para rescatar a sus amigos.

Abandonados en la isla, Lloyd, Cole y Nya intentan escapar en una balsa, mientras los tripulantes de Nadakhan, solo para divertirse, obligan a Jay a luchar contra ellos.

Después de aprender a hablar como piratas, los ninjas se infiltran en el barco de Nadakhan. El objetivo: usar el veneno y rescatar a Jay.

Nadakhan convence a Jay de pedir un deseo para ganarse a Nya, Flintlocke destruye por accidente el Cristal del Dominio, y Cole roba el mapa de Soto.

Mientras la ciudad desaparece a un ritmo alarmante, los ninjas viajan a la isla en busca del preciado veneno con Nadakhan pisándole los talones.

Los ninjas terminan injustamente en la cárcel, donde se encuentran con un preso que conoce un raro veneno capaz de detener a Nadakhan y solo existe en una isla.

Mientras Nadakhan planea robar el Cristal del Dominio, la policía contrata a Ronin para perseguir a los ninjas fugitivos.

Los ninjas pasan de ser héroes famosos a villanos perseguidos cuando alguien se hace pasar por ellos y comete crímenes en toda la ciudad.

Mientras los ninjas tratan de proteger Stiix, Lloyd se cruza con su padre en el Reino Maldito, y Nya libera su verdadero potencial para poder enfrentar a la Suprema.

Mientras los ninjas luchan por evitar que libere a la Suprema, Morro logra convocar un ejército de fantasmas del Reino Maldito con el Cristal del Dominio.

Los ninjas viajan a la tumba del primer Maestro del Spinjitzu en busca del poderoso Cristal del Dominio, pero en el camino encuentran muchas trampas, y a Morro…

Mientras los ninjas se acercan a la última pista para encontrar la tumba del primer Maestro del Spinjitzu, Ronin roba la Espada del Santuario para dársela a Morro.