En un misterioso planeta, comienza el trágico viaje de dos hermanas.

El equipo de Misterios, S. A. tiene que colaborar para evitar que la Malvada Entidad acabe con el mundo.

Siguiendo la pista del profesor Pericles, la pandilla viaja a través de cuevas subterráneas para descubrir por qué han estado recogiendo las cuatro llaves.

La pandilla regresa de Yucatán y descubre que el malvado profesor Pericles ha esclavizado a toda la ciudad para desenterrar el tesoro maldito.

Misterios, S. A. viaja al sur de la frontera en busca del Corazón del Jaguar.

La pandilla se somete a hipnosis para saber más sobre la antigua raza Annunaki, la Malvada Entidad que hay bajo Cueva Cristal y cómo derrotarla.

Fred es transportado a un futuro donde Cueva Cristal es un páramo y todos han muerto, excepto Daphne, que ahora es una anciana.

Un extraño motero está raptando a todas las mujeres de Cueva Cristal, así que la pandilla debe intervenir.

La pandilla debe detener a un demonio glotón del gluten antes de que acabe con todo el pan y la pasta de Cueva Cristal.

Una banda de músicos fantasmas está convirtiendo en zombis a todos los que escuchan su música. Shaggy y Scooby son los únicos que pueden encontrar el remedio.

Una manada de vacas mutantes amenaza Cueva Cristal, pero la pandilla descubre que todo es parte de un complot del profesor Pericles para recuperar el disco planisférico.

El sheriff pide ayuda a Misterios, S. A. porque cree que los extraterrestres están robando dispositivos de alta tecnología de Cueva Cristal para reconstruir su nave.

Cuando la pandilla Misterios, S. A. indaga en la historia de Cueva Cristal, la momia de un fraile franciscano cobra vida y comienza a aterrorizarles.

Dinamita y Fabulman se unen a la pandilla Misterios, S. A. para desentrañar el misterio de un terrible dragón-robot que aterroriza Cueva Cristal.

Cuando el malvado demonio Krampus comienza a aterrorizar a los niños malos de Cueva Cristal, la pandilla Misterios, S. A. decide investigar.

La alcaldesa recluta a la pandilla para investigar el misterio del Oso Monstruoso, un monstruo mutante que aterroriza a la ciudad de Destroido.

Cuando Cassidy Williams es atacada por robots asesinos de las profundidades marinas, Misterios, S. A. la ayuda a descubrir quién los envía y por qué.

Durante una excursión a la nieve, una avalancha hace la pandilla Misterios, S. A. pierda el rumbo y tenga que pasar la noche en una antigua y espeluznante biblioteca.

Un juez fantasmagórico y demente se dedica a aterrorizar a los jóvenes de Cueva Cristal, por lo que la pandilla Misterios, S. A. decide intervenir.

Dos montañeros han sido atacados por Lilith, un sombrío ángel de la destrucción. Una vez en la ciudad, la pandilla decide resolver el misterio.

La pandilla está viendo una vieja película de Vincent Van Ghoul en el cementerio de Cueva Cristal cuando de repente les ataca el Espectro del Cementerio.

Cuando la obra de un artista local cobra vida e intenta acabar con su creador, la alcaldesa Nettles le pide a la pandilla que investigue.

Un vagón de curiosidades llega a Cueva Cristal y el feriante les muestra al Hodag, una bestia supuestamente procedente de las tierras salvajes de Wisconsin.

Se está produciendo una serie de crímenes extraños por la ciudad. Varios ciudadanos destacados de Cueva Cristal están destruyendo las cosas que más quieren.

La pandilla se pone manos a la obra cuando Bebé Bufón regresa buscando venganza y comienza a secuestrar gente por toda Cueva Cristal, ¡incluso a Daphne!

Velma y Hot Dog Water colaboran con el Sr. E para intentar «adquirir» una pieza de la exposición de un museo de Moscú.

La pandilla se ha disuelto y Cueva Cristal está siendo atacada por el malvado Bebé Bufón.

El misterio llega a su fin. La pandilla de Scooby finalmente llega al fondo de lo que sucedió con los originales Misterios, S. A. y por qué desaparecieron.

La pandilla de Scooby está a punto de desentrañar por fin lo que ocurrió con los integrantes originales de Misterios, S.A.

Hay un nuevo agente de la ley en la ciudad llamado Justicia Muerta, un sheriff zombi que solía patrullar las calles de Cueva Cristal.

El alcalde Jones sufre fenómenos extraños en su propia casa y los únicos que pueden ayudarlo son la pandilla de Scooby.

El aventurero favorito de Fred, Rick Spartan, llega a la ciudad para hacerse cargo de la clase de biología de la escuela.

El alcalde compra un templo embrujado por internet para el parque de atracciones La Tierra del Terror, pero todo se complica cuando una mantícora acosa el parque.

Velma se siente innecesaria. Fred tiene a Daphne y Shaggy tiene a Scooby. ¿A quién tiene ella?

Scooby y Shaggy ganan una cena con su héroe, Vincent Van Ghoul.

Cuando una estudiante de intercambio llamada Mai Lee llega a la ciudad para quedarse con Velma, unos extraños magos del kung fu atacan la ciudad para atraparla.